2Dイラストの魅力については、そもそも、3Dモデリングでは再現しきれないところがあると思います。 また、こだわって作成した2Dイラストをそのまま動かしたいという時に、SpineやLive2Dの2Dモーションが 役にたってきます。

2Dイラストのイメージやイラストの独特な雰囲気を保ったまま、立体的にモーション表現が出来るのがとても魅力的です。

2Dイラストの雰囲気を優先してリリースしたいなら、SpineやLive2D等の2Dモーションツールで作成すべきだと思います。特に恋愛シミュレーションゲームの様なものでは2Dイラストの魅力が醍醐味ですので、様々なタイトルで活用されています。

3Dモーションの魅力は、360度どの方向からも見ることが出来、自由自在に動かせることが出来ます。

派手に自由に動かしたいのでありましたら、3Dモーションで作成すべきだと思います。リアルさを追求するものなら、3Dの方が良さそうです。

表現したいものによると思います。

2Dのイラストの風味を活かしたいというのでありましたら2Dのモーションで対応すべきかと思います。

2Dにこだわりが無く、モーションを派手にしたい、よりリアリティのある表現にしたい、というのでありましたら、 3Dの方をお勧めいたします。

2Dモーションか3Dモーションを選択する際に、どういったものに仕上げたいかという想像が無ければ、作っただけになってしまうかもしれません。
きちんとこういったモノを作りたいという計画が有る上で、選択された方が宜しいかと思います。